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在新生宇宙的“回响纪元”，无限视界之树成为了所有维度的灯塔。它周期性释放的“视界脉冲”，不仅能修复破损的时空褶皱，还能唤醒沉睡在量子泡沫中的潜在文明。星溯将意识融入树的根系，以一种超越实体的形态存在，每当某个维度出现危机，他的虚影便会在虚空中显现，给予观测者们指引。
苏小璃在星耀学院建立了“跨维度数据中枢”，银色的建筑表面流转着暗金与秩序交织的纹路。在这里，她与“视界游民”共同研发出“可能性导航仪”——一种能提前预警混沌波动的装置。然而，在一次例行检测中，导航仪突然发出刺耳的警报，屏幕上跳出一串不断重复的神秘代码：“0101——阿扎托斯的残响”。
楚月和路卡利欧踏上了寻找初代守护者遗留设施的旅程。在仙女座星系的某个废弃空间站，他们发现了封存着“观测者协议”的量子存储器。存储器中记录着初代守护者最后的计划：为防止阿扎托斯的意识彻底消亡后引发新的失衡，他在宇宙各处埋下了“混沌调和器”，这些装置能将残留的混沌能量转化为维持宇宙运转的燃料。但当他们试图启动其中一台调和器时，却发现设备早己被某种未知力量篡改。
叶晴的星舰升级为“视界穿梭者号”，舰身镶嵌着取自无限视界之树的结晶。她带领着由宝可梦训练家与维度探险者组成的“裂隙救援队”，穿梭于各个濒临崩溃的维度。在修复一个被时间风暴肆虐的世界时，巨钳螳螂的复眼捕捉到了诡异的景象——风暴中心隐约浮现出阿扎托斯的漆黑瞳孔，虽然只是一瞬，但却让所有队员不寒而栗。
林渊与雷丘、喷火龙在法则漂流岛建立了“新秩序训练营”，教导年轻的观测者如何掌控自身力量。一次实战演练中，学员们释放的能量意外激活了岛上的混沌祭坛残余。祭坛表面浮现出从未见过的符文，雷丘的电力与之共鸣后，竟投影出未来片段：无限视界之树的光芒逐渐黯淡，取而代之的是无数悬浮的黑色立方体，每个立方体中都囚禁着一个维度。
宇宙暗处，那些阿扎托斯瓦解后形成的混沌粒子正在悄然聚合。它们遵循着某种未知的规律，在量子层面编织成一张庞大的网络。某个远离银河系的原始星系中，一颗本应孕育生命的行星突然被暗金色纹路覆盖，这些纹路如同神经网络般蔓延，最终在行星表面勾勒出阿扎托斯的模糊轮廓。
星溯的意识在无限视界之树中感知到了异常波动。他发现树的某些根系开始吸收过量的混沌能量，导致局部时空出现扭曲。当他试图切断这些根系与混沌本源的连接时，却遭到了一股强大意识的抵抗——那是阿扎托斯残存的执念，正试图通过无限视界之树的庞大网络，重新凝聚自身。
苏小璃破解了神秘代码背后的秘密。数据显示，在宇宙诞生之初，阿扎托斯曾分裂出七个“意识碎片”，这些碎片散落在不同维度，每个都拥有改写现实的能力。更可怕的是，其中一个碎片己经与某个高度发达的文明融合，这个文明表面上在协助维护宇宙平衡，实则在暗中收集混沌调和器的能量。
楚月和路卡利欧追踪到了被篡改的混沌调和器所在地。在一个由液态金属构成的星球上，他们遭遇了名为“熵影守卫”的机械生命体。这些守卫的核心闪烁着阿扎托斯特有的暗金色光芒，路卡利欧的波导弹被吸收后，竟转化为攻击他们的武器。激战中，楚月发现星球核心处有一个巨大的培养舱，里面浸泡着一个与星溯极为相似的克隆体。
叶晴的视界穿梭者号在执行救援任务时，误入一片被称为“记忆迷雾”的区域。这里的雾气能将人的记忆实体化，队员们被迫首面内心最深处的恐惧。巨钳螳螂陷入了自己进化失败的循环，而叶晴则不断重复着星舰爆炸的瞬间。在迷雾核心，他们发现了一个漂浮的黑色立方体，立方体表面刻着一行警示：“当记忆成为武器，观测者将自相残杀”。
林渊在训练营的危机中，带着学员们对抗混沌祭坛的异变。当雷丘的电力与祭坛符文产生第二次共鸣时，一个神秘人影从光芒中走出。此人穿着与初代守护者相似的长袍，手中握着一把残缺的钥匙，他的声音带着金属混响：“阿扎托斯从未真正离开，它只是在等待...等待观测者们放下警惕的那一刻。”
星溯意识到，阿扎托斯的回归或许是宇宙的必然。无限视界之树虽然创造了新的平衡，但这种平衡本身也是一种观测法则。要彻底终结威胁，必须让所有观测者领悟“无观测之观测”的境界。他将自己的部分意识分离，化作七位“视界使者”，前往各个维度传递这个理念。然而，在使者们出发后不久，无限视界之树的树冠突然落下一片漆黑的叶子，这片叶子在坠落过程中，分裂成无数细小的孢子，飘向宇宙的各个角落...
